1845 yılında katolik ve protestan kantonlar arasında bir iç savaş (Sonderbundskrieg) patlak verdi. O zamanlar hükümette olan Radikal Partinin yaymaya çalıştığı daha üniter bir İsviçre fikrinden hoşlanmayan katolikler Sonderbund adını verdikleri özel bir antlaşma ortaya çıkardılar. Radikallerin de bu antlaşmaya karşı çıkması üzerine ortaya çıkan savaş bir aydan az sürdü ve yaklaşık yüz kayıp verildi. Küçük başkaldırılar dışında bu çarpışma, İsviçre topraklarında yaşanan son silahlı çatışmaydı.

İç savaştan sonra İsviçre referandum uygulamasına geçti ve 1849 yılında federal anayasa kabul edildi. Bu anayasa ile merkezî otorite kuruluyor ve kantonlar yerel konularda kendi kendilerini yönetebiliyorlardı. Nüfus artışı, Sanayi Devrimi ve tek para birimi kullanılması nedeniyle 1872 yılında bu anayasa önemli oranda düzeltilmiştir. Bu anayasayla savunma, ticaret ve yasal konularda federal sorumluluk da düzenlenmişti.

1893 yılında anayasa olağandışı bir şekilde doğrudan demokrasinin uygulanmasına yönelik olarak düzenlenmiştir ve günümüzde de tek örneği teşkil etmektedir.