Arkeolojik ve paleontolojik teori, Homo Sapiens'in yaklaşık M.Ö 50 bin yıl önce Palawan'da (Filipin in Western Visayas bölgesinin bir ada vilayeti) var olduğunu ileri sürer. Ateaların (yerli halk) şimdiki Filipinler'den 30 bin yıl önce kara köprüsüyle buraya vardığı düşünülür. Çünkü bu alan, Buzul Çağı'nda Asya kıtasına bağlıydı. Filipin halkının çok büyük bir çoğunluğunun ataları Austronesian (Okyanus ve güney Asya, Tayvan halkı)lar, Luzan'ın uç kuzeyine M.Ö. yaklaşık 3.yy'da yerleştiler. Filipinlerin geri kalan alanlarına yayıldılar ve daha sonra Güney Asya kıyıları ve Batı Pasifik adalarında kolonileştiler. Arap, Çinli ve Hintli tüccarlarlar Filipili'lerle temas halindeydi.

İspanya için denize açılan Portekizli kaşif Ferdinand Macellan ve onun tayfaları, takımadalara 1521'de varan ilk Avrupalılardı. Macellan, yerli savaşçılar tarafından Mactan Adasında Lapu-Lapu ve adamlarıyla politik çatışmaya karıştığı savaşta öldürüldü. Kolonileşmenin başlangıcı, İspanya kralı II. Philip (Filipin adı buradan gelir) sefer emrini verdiği zamandır. Fetihçi, Miguel Lo'pez de Leguzpi,Meksika'dan 1565'de ulaştı ve Cebu'da ilk kolonileşmeyi şekillendirdi. 1571'de Manila'yı Yeni İspanya'nın başşehri olarak tesis etti. Romalı misyonerler yerli halkın çoğunun dinini değiştirdiler. Sonraki 333 yıl içinde İspanyol ordusu, yerel halkın isyanları ve çeşitli dış koloni meydan okumalarıyla savaştı. Böyle isyanlar, İngiliz, Çinli, Alman, Fransız, Japon ve Portekizlerden geldi. İspanya için en büyük kayıp, Yedi yıl savaşlarında Manila'nın İngilizler tarafından kalıcı işgali oldu. Filipinler, Yeni İspanya'nın bir toprağı olarak 1565'den 1821'e kadar yönetildi. Önceleri İspanya tarafından yönetiliyordu. Manila Galleon (İspanyol ticaret gemisi) 16. yüzyılın başlarında yılda bir veya iki kez Manila, Acapulco, Meksika arası sefer yapıyordu. Filipinliler ise dünya ticaretine 6 Eylül 1834'te açıldılar.