Bu arada, İmparator Hirohito yönetiminde gittikçe güçlenen ve emperyalist hedefleri doğrultusunda Çin'in kuzey bölgesi Mançurya'yı ele geçirmek isteyen Japonya, 1936 yılında[kaynak belirtilmeli] Çin'i işgale başlar. Kısa sürede Mançurya'yı kontrol altına alan ve Mançuko adıyla kendisine bağlı uydu bir devletçik kuran Japonlara karşı bir halk direnişi başlar. Bu bağımsızlık savaşını örgütleyen Mao Zedung önderliğindeki Çin Komünist Partisi halk içerisinde taraftar toplar. 1941 yılında İngiltere ve ABD savaşa Çin'in yanında girer. 1945 yılında Japonya'ya atılan atom bombaları sonucu Japonlar'ın çekilmesiyle savaşın sona ermesini takiben komünistler ve milliyetçiler arasındaki gerilim yeniden ortaya çıkar.

Çin-Japon Savaşı özellikle ÇKP'nin işine yaramıştır. Japon askerlerden kalan silahlar sayesinde düzenli bir ordu haline gelen komünist kuvvetleri, Sovyetlerin de Mançurya'ya yardıma gelmesiyle daha zengin eyaletlerde de etkilerini arttırmaya başlamışlardır. 1948'den itibaren Mao taktik değiştirir ve hem askeri gücüyle hem de halkçı politikalarla kısa sürede ülkede kontrolü eline alır. 1949'da önce Pekin'i daha sonra diğer birçok önemli şehri eline geçiren Mao, 1 Ekim 1949'da Çin Halk Cumhuriyeti'ni kurar.

Bağımsızlık savaşında ÇKP'yi cephe gerisinden vurarak ülke savunmasında zayıflık yaratan Kuomingtang yönetimi, daha sonra arkasına ABD'yi alarak halkın tepkisini çekmeye devam eder. Halk desteğinden yoksun kaldıkça otoritesini korumak için antipatik girişimlere yönelen Çan Kay Şek önderliğindeki parti yönetimi 1949 yılında kesin yenilgiye uğrar. Formoza adasına (Tayvan) kaçan Çan Kay Şek ise burada 1928 Çin Cumhuriyeti'nin devamı olduğu iddiasıyla ayrılıkçı bir hükümet kurar.